Pisogne risulta essere stato abitato in epoca antichissima, addirittura preistorica, e nel tempo essere divenuto un notevole centro commerciale. Sembra essere stato possedimento del Vescovo Rataldo e solo nel dodicesimo secolo è stato donato al monastero di San Faustino e Giovita nel territorio appartenente a Brescia.

Pochi anni più tardi Pisogne subì incendi e distruzioni come conseguenza della lotta tra Bergamaschi e Bresciani riuscendo a risollevare la propria situazione soltanto all'inizio del secolo successivo; ma, come se non bastasse, la fine del Duecento assistette nuovamente alla rovina di Pisogne.

Questa volta la causa fu la ribellione capeggiata dai Celeri e dai Federici ai danni di Brescia che portò alla distruzione quasi totale di Pisogne. Essa, dopo essere stata fortificata, fu affidata ai Brusati tra il dodicesimo e il tredicesimo secolo. Ed è così che Tebaldo Brusati divenne a pieno titolo il signore di Pisogne.

Nel Quattrocento il paese venne occupato da Carmagnola mentre il Vescovo di Brescia (Bartolomeo Malipiero) provvide all'acquisto dei diritti e degli stabilimenti di Pisogne.

Nell'Ottocento affrontò una violenta alluvione e il secolo successivo cominciò la sua opera di rinnovamento anche grazie al raggiungimento della linea ferroviaria.